共有四层，门前有景观广场，由馆名卧碑、倒影池、音乐喷泉、九龙柱、七彩灯柱等组成.二楼的基本陈列《闽台缘》分为远古家园、血脉相亲、隶属与共、开发同工、文脉相承、诸神共祀、风俗相通七部分主题，新版展览新增第八部分统一大业，用实物、文献、图片等资料阐述台湾是中国领土等事实 ；三楼的专题展《乡土闽台》按照春、夏、秋、冬四个时节，展现闽台两地的民俗风貌.