泉州佛教博物馆的殿宇为五重，中间三进采用蜡角式建筑，其中戒坛为重檐。五重正殿依次排列，在正对山门的一条中轴线上，与东西两厢的钟、石雕廊房建筑相连接，浑然一体，布局严谨，气象庄严，朴实壮观。五重殿由几十根巨型石柱支撑，柱上雕饰玲珑，尤以各殿镂空花窗式样繁多、图案新颖而著称，堪称内地佛教博物馆之冠。