太庙遗址南侧为南宋中枢机关三省六部和南宋皇城保护范围，北侧为南宋五府遗址，地下文物极为丰富。1995年5～9月，杭州市文物考古研究所对该遗址进行了发掘。太庙是帝王祭祀祖先的宗庙。按周制，太庙位于宫门前左侧，每庙一主。南宋太庙始建于宋高宗绍兴四年1134年，后来宋廷又多次扩建。南宋太庙分为14室，每室祀一帝神位，神位两旁有配享附祭的功臣。此次发掘发现了南宋太庙的东围墙、东门门址和大型夯土台基等重要建筑遗迹，面积约1000平方米。尽管考古发掘尚未揭示太庙全貌，但已从中得见南宋太庙的规模和气势，以及营造工艺水平的高超。赵氏太庙遗址的发现填补了南宋杭州城考古缺乏城市格局和代表性建筑这一空白，对深入揭示南宋都城临安的面貌有重要价值，被认为是中国城市考古中取得的一项重要成果。