该寺原址在衢山岛，旧名蓬莱院，创建于后晋天福五年940年，迄今已有千年历史。宋治平年间赐今额，改名祖印。嘉熙年间，邑令余桂迁寺至今址，与原普陀山接待寺合并。元至元年间，高僧山宁开法祖印，继有密庵禅师住持该寺，弘扬禅宗佛法，声誉鹊起，香火鼎盛。祖印寺曾数毁数兴：明初废县毁寺，香火中断；宣德年间重建，正统年间又遭火焚；成化年间再重建。清初，岛民内迁，城垣尽毁，寺院殿宇亦毁于兵燹，四周房舍无存瓦片寸椽，惟大雄宝殿巍然不动，时人传为神异。康熙年间定海总镇兰理募资修复；同治年间住持僧云岫禅师又募资扩建；宣统年间邑人朱葆三捐资再重修。现存山门、天王殿、大雄宝殿、后大殿、钟楼、东西厢房计有面积二千三百平方米，占地五千多平方米。除正山间系近年重建外，其余皆为清朝建筑。