龙门寺坐北朝南，东西宽65米，南北长78米，总占地面积约5070平方米。布局分三条轴线布置。中轴线布置了三进院落，排列有山门、正殿、后殿、于佛阁已毁，每进院落均设有东西配殿，院落随地形建造，形成渐次叠高的形念。中轴线采用对称式布局，显示了中轴线建筑在寺院中的尊崇地位、西轴线南前后两进院落的僧舍和库院等附属建筑组成，东轴线则南圣僧堂、水陆殿及禅堂、僧舍同合成的院落组成，东西轴线上的建筑均南前院、中院和后院部分组成，两轴线的建筑多为明末清初所建。寺西沟地里还保存有宋、元、明、清历代墓塔10余座。寺院的整体布局错落有致，主次分明，空间的设计上层层推进，转折有序，别具特色，显示了宋代匠师对空间环境的理解和独具匠心。