龙门寺坐北朝南，东西宽65米，南北长78米，布局分三条轴线布置。中轴线布置了三进院落，每进院落均设有东西配殿，院落随地形建造，形成渐次叠高的形念。中轴线采用对称式布局，显示了中轴线建筑在寺院中的尊崇地位、西轴线南前后两进院落的僧舍和库院等附属建筑组成，东轴线则南圣僧堂、水陆殿及禅堂、僧舍同合成的院落组成，东西轴线上的建筑均南前院、中院和后院部分组成，两轴线的建筑多为明末清初所建。龙门寺集五代、宋、金、元、明、清建筑集于一处，是河谷内历史最悠久、现存文物建筑最多、跨度时间最长、石刻史料最丰富的寺院。