扬州科技馆由南京大学建筑规划设计研究院规划设计。预计总投资8亿元，总共8层，分地上6层，地下2层，总建筑面积110800平方米。其中分为公共展示和市民服务两大部分。在公共展示区域，共有4大主题场馆，分别为占地11800平方米的科技馆、13000平方米的城市规划馆、2300平方米的动物标本馆以及2600平方米的安全教育主题馆。在市民服务区域，则有青少年及妇女儿童活动中心、市民服务中心。