金天观坐北向南，依中、东、西三条轴线布局。中轴线由南向北依次排列着九天门、元坛祠、法祖堂、真武祠、天师殿、雷祖殿及长廊、三清殿、玉皇阁、老子殿；东轴线依次为大门、过厅、魁星阁及其东西厢房、文昌宫、文昌宫东西厢房、云水堂；西路轴线依次为三公祠、慈母宫、华佗殿、道教大殿等。