石窟开凿于隋仁寿年间601－604年，唐高宗永徽四年654年，又大规模续建。慈善寺石窟是为隋唐两朝皇帝到麟游消夏避暑做佛事所建。2001年06月25日，慈善寺石窟作为隋、唐时期文物，被国务院批准列入第五批全国重点文物保护单位名单。