皇乾殿位于祈年殿北面，由三个琉璃门相连，始建于1420年，是供奉皇天上帝和皇帝列祖列宗神版的殿宇，庑殿式结构，下面有汉白玉石栏杆的台基座。大殿中间的基座供奉的是皇天上帝的神牌，两侧是历代皇帝的牌位。祭祀前一天，皇帝到此上香行礼后，神牌再由官员抬至祈年殿内安放祭拜。