崇左市辖区最主要河流是左江，是崇左市最大的河流，流经凭祥市、龙州、宁明、崇左市区、扶绥县，至南宁市郊宋村与右江汇合为止。左江干流全长552公里，发源于宁明县与越南交界的枯隆山，上源称奇穷河，流入国内称平而河，在龙州县城与水口河汇合称丽江，与最大支流明江汇合后称左江。左江年平均径流量209亿立方米，流域落差大，流域面积32378.7平方千米。明江是左江最大支流，也是辖区内第二大河流。明江流域地势东南高西北低，中央为低矮平坦的明江河谷平原，东部及南部为十万大山北麓，地势较高。其次是黑水河，年平均流量约135立方米每秒。