轩辕庙人文初祖大殿是祭祀轩辕黄帝的正殿，也是整个庙院的主体建筑，坐落在庙院最北边。它重建于明朝，后代屡有修缮之举。1959年曾做过一次较大规模的重修，近年来也部分整修过。