真武庙占地 8600 多平方米，其中主殿建筑面积约 360 平方米。整体建筑依地势而建，坐东朝西，中轴线上主要有山门、角亭、主殿等建筑。山门采用三间四柱三楼石牌楼样式，宽三间，深三柱，设有三个开间和重檐歇山顶，檐下装饰有如意斗拱，正中悬挂着黑底镏金的武当山牌匾。山门旁有一口明万历年间的三蟹龙泉古井，井水曾作为古代船队的重要淡水补给来源。吞海碑与角亭从山门后的 24 级石阶向上可到达吞海碑，碑为明朝嘉靖年间晋江县令韩岳所立，碑座的石头形似龟蛇合体，象征着真武大帝脚下的龟蛇。吞海碑附近有一座四柱八角角亭，顶部为重檐攒尖顶，中央有一个八角形藻井，地面铺设条石，其造型结构如真武大帝钤用的印章。主殿始建于宋代，清代重修，保持了清代闽南传统宅院建筑风格。为两进五开间结构，两侧附有护厝。正殿采用歇山式屋顶，四坡翘角，脊饰宝塔和双龙。内部采用穿斗抬梁混合式木构架，梁间装饰有彩绘托木、竖柴和雀替。