弥陀寺始建于唐代，是蓬莱阁景区内唯一的佛教寺庙。明万历十一年1583年，佛教名僧憨山德清明末四大禅僧之一来山东崂山传教，含辛茹苦十二年，终于实现了他儒、释、道三教合一、各宗并进、禅净双修的思想。由于当时代表了佛教革新的先进思想，在崂山以及胶东地区的佛教界影响很深，他的弟子遍布各地。这时，蓬莱阁内的弥陀寺香火复盛，渐渐扩建成今天的规模。弥陀是号称西方三圣之一的阿弥陀佛的简称西方三圣指的是阿弥陀佛、观世音、大势至。弥陀寺是供奉阿弥陀佛的寺庙。