清朝时，泉州城内一位乡绅见裴仙坐像稍有破损，便雇塑佛匠前往清源山整修。塑佛匠用竹竿探裴仙坐像大腿下的窟窿，发现深不见底，其小徒弟在师傅吃饭时，把刻有整修清源洞裴仙塑像用字样的扁担系在绳子上往下探，结果扁担掉落窟窿。半年后，一位洛阳街的商人称在洛阳江捡到了这根扁担，自此便有了清源洞通洛阳江的传说。

相传南宋绍兴年间，有裴道人因追赶一条伤害生灵的巨蟒来到清源洞，见巨蟒遁入洞中，遂覆以石，坐化于洞口，使巨蟒不能复出为祸，故此洞又名裴仙洞。泉州城的老百姓为感激他为民除妖的恩情，将他的肉身泥塑成像，并盖起寺岩，来做永久的祀奉，清源洞也被叫做蜕岩。

清源洞位于清源山顶峰，系清源山三十六岩洞之首，十人称之为第一洞天。进山门顺石阶而上左侧立有明万历三十六年公元1068年纪德碑一方，上刻：泉山之句载于汉书，故以名州清源是也。四方宾客，本州士庶，乐慕名胜，游览不绝