青龙寺始建于隋文帝时期582年，原名称灵感寺。唐龙朔二年公元711年，改名为青龙寺。唐会昌五年公元845年，唐武宗灭佛时寺院再度被弃，收为皇家内苑。直至北宋元祜元年公元1096年以后，寺院再次荒废。上世纪八十年代才大面积复建。

该寺建于隋文帝开皇二年公元582年，北宋元祐元年公元1086年青龙寺即遭毁坏，渐不为人知晓。1963年起经过多年考古调查发掘，在址上建起新的青龙寺。寺分东西两处，有日本捐资修建的大型仿唐建筑惠果、空海纪念堂，及青龙寺出土文物展室等，是许多日本游客神往的观光胜地。

在唐朝，日本真言宗的祖师空海到华后，在此寺受学于惠果。诃陵国今印度尼西亚爪哇岛僧人辨弘，新罗僧人惠日、悟真也曾从惠果学习密宗教法，因此，青龙寺盛名远播海外。1973年中国考古工作者对青龙寺遗址进行发掘。根据发掘报告，遗址有两处，一为塔址，一为殿堂遗址。塔基正中有一直壁方炕，当是塔心的地宫部分。此塔可能是隋唐盛行的方形木塔。殿址位于塔址东侧50余米处。殿址台基面呈长方形，放柱础石夯土墩，东西五排，南北六排，中间缺少两墩。夯土墩形成柱网状，似为面宽五间，进深四间格局。中心减二柱部位，可能是密宗佛殿的一种特殊设置。台基东西两侧发现有呈坡状慢道。台基北面中部有踏道遗迹，台基南面中间有露道。出土遗物有银质及鎏金小铜佛，唐代建筑材料等。1982年，西安市同日本国香川、德岛、高知、爱媛四县协议在青龙寺遗址共同修建的空海纪念碑落成。1984年，建筑考古学家杨鸿勋先生应邀根据1973年对青龙寺遗址的发掘资料对遗址4殿堂进行了复原研究。由于遗址4基址为两个文化层的叠压，杨先生为上下两层分别做了复原。