现存建筑为明清风格，坐北朝南，依山拾级而上，中轴线上有山门、拜亭、大殿 。山门为牌坊式砖石建筑，竖匾武当山，旁有明万历古井三蟹龙泉 。山门至前殿依原山坡筑砌24级石阶，置有石扶栏，上有天然巨石数块，岩上立明嘉靖吞海石碑 。大殿为真武殿，砖木结构，面阔三间、三进深 。主祀真武大帝，又称北极玄天上帝、玄武大帝，披发仗剑，铣足踏龟蛇 。其信仰源于古代对北方之神玄武的崇拜，北宋初地位提升 。在泉州，因北方对应五行中的水，与海洋文化交融，被视为海神 。宋时为郡守望祭海神之所，见证了泉州海外交通昌盛及海神信仰的发展，承载着泉州宋元时期海上对外贸易的重要历史记忆 。是闽台祖庭，中国台湾、新加坡等地祀奉的玄天上帝多从这里分炉出去 。

始建于南北朝齐朝时期479-502 年，宋代重建，现存建筑为清朝道光年间重修。占地 8600 多平方米，主殿建筑面积约 360 平方米，依山势而建，坐东朝西，面向大海。主要建筑有山门、角亭和主殿 。是泉州：宋元中国的世界海洋商贸中心祭海保航的重要遗迹，为八闽玄天上帝第一行宫，是泉州地区第二代海神真武大帝的祭祀场所，承载着海神信仰，体现了世界海洋贸易中心管理保障的代表性遗产要素 。

真武庙占地 8600 多平方米，其中主殿建筑面积约 360 平方米。整体建筑依地势而建，坐东朝西，中轴线上主要有山门、角亭、主殿等建筑。山门采用三间四柱三楼石牌楼样式，宽三间，深三柱，设有三个开间和重檐歇山顶，檐下装饰有如意斗拱，正中悬挂着黑底镏金的武当山牌匾。山门旁有一口明万历年间的三蟹龙泉古井，井水曾作为古代船队的重要淡水补给来源。吞海碑与角亭从山门后的 24 级石阶向上可到达吞海碑，碑为明朝嘉靖年间晋江县令韩岳所立，碑座的石头形似龟蛇合体，象征着真武大帝脚下的龟蛇。吞海碑附近有一座四柱八角角亭，顶部为重檐攒尖顶，中央有一个八角形藻井，地面铺设条石，其造型结构如真武大帝钤用的印章。主殿始建于宋代，清代重修，保持了清代闽南传统宅院建筑风格。为两进五开间结构，两侧附有护厝。正殿采用歇山式屋顶，四坡翘角，脊饰宝塔和双龙。内部采用穿斗抬梁混合式木构架，梁间装饰有彩绘托木、竖柴和雀替。